在栽培管理的各个技术环节采取农业防治、生态防治、生物防治、物理防治等多种措施，杜绝或减少病虫害入侵的途径和机会，创造有利于猴头菇生长发育但不利于细菌和害虫发生繁殖的生态条件，将病虫害的发生率控制到最低。
在确实需要用化学药剂防治时，要选用低毒药剂，且应在未出菇前或每潮菇采收后进行，并注意少量、局部施用，绝不能直接喷于菇体上，以免影响人体健康。
一、筛选优良菌株
（1）选用优质、高产、优质、抗病性强的品种。
（2）菌株的生物学特性应明确。种子生产者和栽培者必须了解该菌株菌丝体和子实体的适宜温度范围、栽培要点、形态特征和加工特性。
（3）菌丝生长旺盛，纯度高，无病虫害。
（4）菌龄适宜，严格淘汰老化降解菌。
二、阻断病虫侵袭
（1）培养物新鲜、无霉变，消毒灭菌彻底。
（2）做好养殖场、菇场及周围环境的卫生工作，养殖场应远离仓库、饲料场、垃圾堆，废弃物、积木、旧菌袋不得堆放在养殖场附近，必须高温堆肥或进行及时处理。
（3）有条件的菇棚应安装纱门和纱窗，防止昆虫进入。
（4）旧菇棚使用前，必须进行全面清洗消毒工作，消灭藏在床架和地面上的细菌和害虫。床架可用清水或5%石灰水或1%漂白粉水清洗。菇棚的地面在使用前撒上一层石灰粉。
（5）对各操作环节的工具、设备、环境及工作人员的衣物、手套等进行认真消毒、清洁，防止操作过程中细菌、害虫带入培养物、培养室和菇棚。
（6）采完菇后，要彻底清理菇袋，去掉菇根、烂菇和损坏的菇芽，集中掩埋或焚烧，不要随意丢弃。每批菇栽培结束后，应及时清除废弃物，清理栽培场地。
三、创造适合长菇的生态环境
在适宜的条件下，猴头菇能正常生长，大大减少病虫害的发生。特别是要控制猴头菇生长的温度、湿度、光照和通风，营造有利于猴头菇生长的环境，促进猴头菇的正常生长发育，减少病虫害的发生。
（1）种植地应高干燥，阳光充足，排水通风，水源和交通便利。
（2）菇棚通风良好，光照适宜，保温保湿条件好，具有有效防虫防鼠设施。
（3）培养料质量好，配比适宜，袋体致密性适宜。
（4）选择合适的播种时间，避免高温或低温的影响。
（5）及时防治病虫害。当地病虫害发生时，应及时采取措施，使其在萌芽状态下消灭，防止蔓延。
