一、常见病害
1、芹菜斑枯病：该病重要为害叶子，也可为害叶柄和茎。叶子初生淡褐色油浸状小斑，边缘显著，后发展为圆形，边缘褐色，中间淡褐色到灰褐色，病斑上生很多小黑点，病斑外有黄色晕圈。低温高湿有利于病害出现和流行，气温20摄氏度左右，相对湿度90%，潮湿多雨的天气发病重。
2、芹菜软腐病：该病多出现在芹菜移栽缓苗期或缓苗后的生产初期。一般先从柔嫩多汁的叶柄基部开始发病。发病初，病斑淡褐色，水渍状，纺锤形或不规则形，稍凹陷，快速扩大后内部组织呈黑褐色腐烂，有恶臭，最后残留表皮。
3、芹菜早疫病：苗期到成株期均可产生，重要为害叶子，叶柄和茎也可感病。感病初期出现黄绿色水渍状斑点，后扩展为圆形、椭圆形、或不规则形灰褐色斑，稍凹陷。高温、高湿、多露发病重。
4、芹菜菌核病：芹菜全生育期均可发病，为害芹菜茎和叶柄。从茎或叶柄基部开始发生褐色水渍状软腐，湿度大时病部生有棉絮状白色菌丝，病组织逐渐腐烂，无异味，后期产生黑色鼠粪状菌核。棚内低温、通风不良、湿度大、栽培过密都易于发病。
5、芹菜心腐病（俗称烂心）：该病重要在呵护地形成。芹菜长至10片真叶早先，沿嫩叶叶缘形成缺绿斑，不久变褐、坏死，严重病株心叶变黄枯死。发病 因素重要有二方面：（1）缺钙导致的生理病害。由于高温、干旱、施肥不妥或大棚温度太高，水份缺乏，阻碍根系对钙的汲取，产生烂心;或土壤中氮、钾、镁过量，由于拮抗作用而阻碍植株对钙的汲取。（2）缺硼烂心。土壤中有用硼含量偏低或由于拮抗作用而使植株不能正常汲取硼素。
二、防治和治疗方法
1、选用抗病、耐病品系：如“津南实芹1号”、“美国西芹”、“夏芹”等。
2、种子处理：无病株采种，播种前用48摄氏度温水浸种30分钟，可有用杀死种子上的病原菌。浸种时不时搅动使之匀称受热，然后将种子投入冷水中冷却，晾干播种。
3、农业防治和治疗：实行2年以上轮做，可减少病原菌积累，减轻病情；准时清除病残体，合理密植;增加通风透光度，尽量下降湿度；合理施肥，施足基肥并追施或喷施磷钾肥、钙肥和硼肥，培育健壮植株以提升抗病力；合理灌溉，不大水漫灌。
4、药剂防治和治疗：发现病株立刻拔除并用药剂抑制，避免蔓延。对斑枯病用3%农抗120水剂100倍液，75%百菌清可湿性粉剂600倍液，或70%甲基托布津可湿性粉剂800倍液等防治和治疗;对软腐病，在发病初期喷洒72%农用链霉素或新植霉素3000－4000倍液，或用14%络氨铜水剂300倍液，或30%DT胶悬剂500倍液喷雾防治和治疗；对早疫病用77%可杀得500倍液，3%农抗120水剂100倍液，或50%多菌灵可湿性粉剂500倍液等防治和治疗;对菌核病用50%速克灵可湿性粉剂1500倍液，50%农利灵1000倍液，或50%菌核净1000倍液喷雾防治和治疗。一般每7～10天施药一次，间断用药2次到3次。
三、虫害防治和治疗
1、蚜虫。蚜虫喜为害多种蔬菜的叶背及嫩茎，繁育力极强，一旦形成，一般农药很难彻底根治，故应清理田园、利用防虫网、黄板诱杀及农药防治和治疗几方面齐头并进。黄板诱蚜：一般每30～50平方米一块，价格便宜，成效较好；化学防治和治疗：用25%的阿克泰水散颗粒5000倍液或10%吡虫啉可湿性粉剂1500倍液6～7天喷一次，间断2～3次。
2、蝼蛄：用毒饵防治和治疗。饵料（秕谷、麦麸、豆饼、棉籽饼或玉米碎粒）5千克炒香，而后用90%敌百虫晶体30倍液0.15千克拌匀、拌潮为度。每亩施用1.5kg～2千克，傍晚撒施。
3、根结线虫病：芹菜的根部受害，在侧根和须根上出现大小不等的瘤状根结，植株成长不良，矮小。在土壤温度为20～30摄氏度，土壤湿度为40～70%条件下，线虫繁育快，容易在土壤中大量积累。防治和治疗措施：（1）清洁田园，把上茬有病植株残体和残根彻底清除干净，集中深埋或烧毁。（2）深翻土壤25厘米，或起土30厘米，施用不带病原的腐熟有机肥。（3）播种或移栽前。
