灵芝菌丝容易木质化，要想保持灵芝菌种的新鲜、优质，必须妥善保藏菌种，使灵芝菌株新陈代谢速率减缓，避免菌种衰老死亡。一般来说应将菌种放置在清洁干燥、冷冻、低温、缺氧的环境中保存。现具体介绍以下几种方法：
一 试管斜面低温（冰箱）保藏法
在母种试管外面包一层塑料薄膜或牛皮纸，也可用硅胶塞代替棉塞，以防水分蒸发，而后置于冰箱内在4℃条件下保存，菌丝在此温度下几乎停止生长而处于“休眠”状态，代谢作用缓慢从而延长保存时间。
保存过程中要注意几点：
1、温度不能太低，否则斜面培养基易脱水结白而冻死菌种。
2、低温保存的菌种，每隔三、四个月须转管一次。
3、保存期间要经常检查棉塞是否受潮，否则要及时更换棉塞(无菌棉塞)，以免感染杂菌。
4、对于低温保存较长的菌种，使用前必须先把菌种放在适宜温度下让其“苏醒”“活化”，恢复菌丝的生命活力。
该方法简单易行，设备仪器简便，应用范围广，无论科研单位还是栽培生产单位，都可采取低温保存菌种，但由于经常要转接试管，代数过多会退化菌种，且费工费时。
二 石蜡保藏法
将要保存的灵芝菌种移接到cpda培养基斜面上，在25℃左右的恒温中培养7天左右，然后用液体石蜡封藏保存。石蜡要选化学性纯的，首先在121℃下高压灭菌30～60分钟，连续灭菌2次，再用无菌吸管灌注到斜面上，液体石蜡以高出斜面尖端1cm为宜，然后置于室内干燥处或冰箱中保存，用石蜡封闭，隔绝了菌丝与空气接触，防止水分蒸发，菌株新陈代谢减缓，菌种保存时间延长，一般可保存5年以上，但以l、2年移植一次为好。
需用菌种时，从试管中抽取菌丝移植到pda培养基斜面上进行活化培养，即可作菌种用。
保存过程中要注意几点：
1、为防止封闭石蜡后灵芝菌丝再生长，应适当延长菌丝的培养时间。
2、倒入的石蜡不能低于斜面尖端，否则液体石蜡挥发快，斜面培养基易干涸。
3、石蜡灭菌要彻底，否则菌种易感染杂菌。
4、定期检查棉塞是否污染，培养基是否露出石蜡液面，如露出液面，要及时灌注无菌石蜡。
5、菌种必须垂直放置，否则棉塞易受污染。
三 白胶塞封口
保存法选择与试管口径相符合的白胶塞，用0.2%煤酚皂溶液洗涤，浸泡在95%乙醇内保存。当试管斜面长满菌丝后，无菌操作，拔去棉塞，取浸泡的白胶塞一个，通过火焰快速塞入试管口，并用石蜡封存。
此法与石蜡保存效果相同，一般可保存菌种几年，但以每年移植一次为好。
四 麦鼓保存菌种法
选取新鲜的麦鼓用适量的清水调湿，然后装入试管，占试管总长的五分之二，洗净管壁上的麦麸，塞好棉塞，常规方法灭菌后接种培养，5～7天后，当菌丝长满培养基表面，放入真空干燥器中将培养基内水分抽干，然后移入盛有氯化钙的干燥器内，用凡士林密封，常温下保存。此法保存灵芝菌种存活力在1年以上。制作过程中注意灭菌彻底，无菌操作。
五 木屑保存菌种法
选用阔叶杂木屑78%、麦麸20%、白糖、石膏各1%，加适当的水调湿，分装试管，占试管的三分之四长，在1.2～1.5kg/cm2高压下灭菌40分钟左右，冷却后无菌接入灵芝菌种，适宜条件下培养10～15天，菌丝接近长满木屑时，用石蜡熔封管口，或换上无菌白胶塞，置常温或冰箱中保存。
该法只要木屑不干涸，可保持菌种活力3年以上，保存时应注意：
1、木屑只能用阔叶杂木屑，松、杉、樟树等有芳香气味的不能用。
2、水分含量适宜，灭菌彻底。
六 木块保存菌种法
将阔叶树木切成1cm3或1cm×1cm×2cm的小木块，把木块置于1%葡萄糖水中浸泡，湿透，或用0.2%磷酸二氢钾、0.3%的尿素配制液中浸泡2小时，然后按20%木屑、80%木块比例混合，含水量60%～70%左右，拌匀后装入试管，试管最下部与上部均有1～2cm厚的木屑，中间为木块，装好试管后高压灭菌40分钟，冷却后接种培养7天，然后取出，密封管口，置冰箱中保存。
七 地下保存法
在室内阴凉处挖个坑，埋一只小坛子，坛口低于地面，四周填实，上面用水泥抹平并浇制一只盖子，使用时用塑料袋装些生石灰，放人坛底，把要保存的菌种用薄膜包扎好后放人坛内，盖好坛盖即可。一般每2～3个月转管一次。
