胡桃肉状菌是一种竞争性较强的杂菌，生长速度快，危害严重，减产幅度大，且可连年感染，菇农形象地称之为“菜花菌”，故应引起高度重视。
1、杜绝使用带菌菌种
不在发病的菇房留种菇和分离菌种，不从发病严重的地区调购菌种。播种前对菌种进行全面检查，发现受污染菌种，例如瓶内有白色或淡黄色扭结物，特别是有漂白粉气味的菌种，应禁用并将其销毁。保证使用优质菌种，其标准为：菌丝洁白、粗壮、适龄。
2、培养料合理发酵
双孢菇属粪草菌，要求培养料碳、氮比合理，一般为33∶1。培养料需经过严格发酵，最好进行2次发酵，以消灭潜存在培养料内的病菌。培养料不宜过熟、过湿、偏酸，含水量要控制在55%～60%，pH控制在7.5～8，发酵料应有弹性、褐色且具有料香味。
3、旧床架、菇房严格消毒
堆料进房前半个月，菇房、床架、墙壁及四周要用水冲洗，并喷洒1%的漂白粉溶液消毒。栽培2年以上的老菇房，床架要用1∶2∶200波尔多液洗刷，再用10%石灰水粉刷墙壁。培养料进房前1周，菇房要喷5倍甲醛稀释液。连续栽培3年的菇房，要将床架拆下，用波尔多液浸泡5～6天，晒干备用。培养料进房前3天，要密闭门窗，每100立方米空间用2kg硫磺熏蒸，2天后开启所有门窗通风。也可在2次发酵时用水喷湿旧床架，在58～62℃的高温下杀菌2小时。
4、狠抓覆土的2次消毒
覆土应取菜园20cm以下的红壤土，暴晒后，每100平方米栽培面积的覆土用2.5kg甲醛进行消毒；覆土前10天，还要将甲醛稀释50倍，均匀喷洒覆土，然后堆起，用塑料薄膜覆盖2天后散开，于太阳下晒几天，即可使用。覆土后8～9天，残存的病菌孢子会在蘑菇菌丝分泌物的刺激下开始萌发，此时菌丝正处于细线期，再喷药1次进行彻底根除，可用50%多菌灵可湿性粉剂800倍液喷雾，防治效果达98%～100%。
5、发病后的处理
发生此菌后应立即停止喷水，使土面干燥，并挑起胡桃肉状菌的子实体，用喷灯烧掉，再换上新土。小面积发生时可用柴油或煤油浇灌，或及早将受污染的培养料和覆土挖除，然后用2%的甲醛溶液或1%漂白粉液喷洒，并喷石灰水，以提高培养料的pH。已大面积发生时，应去除培养料，将培养料深埋或烧毁；然后消毒菇房，以免污染环境，预防来年发病。
