食用菌病虫害的发生主要是由于生态条件不适宜引起的，所以当病虫害发生时，要首先找出不适宜的生态因素，针对性地采取相应治疗措施。
（1）调整温度
平菇、草菇等进行生料栽培，尽量在适宜季节投料，尤其冬季生料袋栽平菇，一般培养料不经过堆积发酵，往往管理稍一疏忽，料温即可达到40～60℃。因此要及时打开门窗通风降温，平菇要及时翻袋降温，调整摞的高度，使料温维持在食用菌生长的适宜温度内。出菇期间，菇棚内气温高，易引起疣孢霉病、猝倒病、红银耳病发生。发病初期，要及时打开通风孔，适当降低棚内气温，控制病害发生。
（2）调整湿度
在空气湿度较高条件下，往往引起绿霉、木霉等杂菌发生，引发锈斑病、疣孢霉病、湿斑病等病害。在出菇管理期间、发病初期，要及时采取通风措施降低棚内湿度，控制杂菌病害发生。出菇管理主要是采取喷水、地沟灌水、空中喷雾、菇体喷水等措施，提高空气湿度，供给菇体充足水分，使菇体正常生长，这是北方出菇管理期间获得高产的关键技术。
（3）调整通气量
在平菇生料袋栽发菌期间，室内通气不良会使平菇菌丝体生长缓慢，绿霉菌等杂菌会大量发生。当发现因空气湿度过高（空气湿度70%以上）引起霉菌发生时，要及时开窗通气，降低空气湿度，使空气湿度维持在60%～70%，使平菇菌丝体正常生长。
（4）调整光线
平菇、草菇、香菇等子实体生长，一般要求200勒克斯以上的散射光，当光照不足时，不发生菇蕾或形成长柄菇，产量低、质量差。当发现因光照不足引起长柄菇时，要及时供给适宜散射光，使子实体正常生长。
（5）调整酸碱度
在菌丝体生长过程中，培养料的酸碱度会逐渐下降，一般出菇后期培养料pH为4左右，这样的酸碱度会成为子实体发生和生长的限制因素。所以，要想提高产量，必须调整培养料的酸碱度，可用特制的注水器向平菇出菇袋料中注入5%的石灰水。
