羊肚菌重茬，会造成菌丝稀疏、发菌慢、出菇期间容易感染镰刀菌、黑脚病、蛛网病等杂菌和虫害，有时候减产一半以上，甚至会绝收。
同其它食用菌和农作物一样，是同一块地连续种植同一种作物2年上的现象。除极少部分作物连作能促进其生长外，在正常的相同管理方式下，绝大多数连作都会出现生长状况变差、产量降低、品质变劣及病虫害加剧等现象，对作物造成不同程度的危害，这种现象严重影响了种植户的经济效益。并且重茬次数越多，年限越长，重茬障碍越严重。
为什么羊肚菌重茬会有很多危害？
在羊肚菌的营养生长和生殖生长过程中，羊肚菌的子囊果和菌丝体会分泌或释放某些物质，对下茬羊肚菌的营养生长和生殖生长产生抑制作用，称为羊肚菌自毒作用。自毒作用在双孢菇、平菇等食用菌中也是一种普遍存在的现象。自毒作用通过羊肚菌子囊果的淋溶、菌丝在土壤中的分泌和羊肚菌残体的腐烂与分解等途径，释放一些物质进一步来毒害羊肚菌。这些物质到底是什么，作用机制在羊肚菌的系统发育中有何意义等问题，目前还不十分清楚。
从羊肚菌生物学特征来看，羊肚菌属于一类特殊的腐生性蕈菌，在自然生态系统中，共生性的蕈菌一般都会在原地多年出菇，因为有机营养主要来源是植物体。腐生性的蕈菌在同一个地点连续多年出菇的概率比较低，因为其子实体大量生长以后，会消耗掉该菌喜好的营养物质，分泌出或残留下对自己生长不利的物质，所以不会连年发生。在同一塑料大棚或地块中，由于连年，不间断种植羊肚菌，所引起的羊肚菌子囊果生长发育不正常、产品质量下降、病虫害严重、产量降低的现象。生产实践表明，重茬次数越多、年头越长，重茬障碍现象就越严重。一般来讲，黏性土的重茬问题重于沙性土壤的。
其次，羊肚菌的栽培使土壤及周边环境中有害虫卵增加，导致羊肚菌生长发育过程中，虫害严重。种植羊肚菌使土壤中原来的矿质元素平衡被破坏。羊肚菌的生长发育对土壤中的矿质元素的吸收具有选择性。连年种植羊肚菌，使土壤中矿质元素的平衡被打破，营养元素之间的拮抗作用，会影响到羊肚菌对某些元素的吸收，容易出现生理性病害，最终导致品质与产量下降。
最后，连续种植羊肚菌，有的时候还会使羊肚菌出现有害的元素富集情况。连续种植羊肚菌会使得其菌丝分泌物增加，而且同种羊肚菌菌丝分泌物会对同种食用菌产生明显抑制作用。其中大量有害病菌附着在大棚内壁、棚膜、设施等器械上。有害病原菌会使羊肚菌的栽培使土壤及周边环境中害虫密度增加，造成羊肚菌生长发育过程中的虫害严重。在有害病原菌到达一定数量后会使种植羊肚菌后，土壤中原有矿质元素种类与含量发生变化。羊肚菌的生长发育对土壤中的矿质元素的吸收具有选择性，连年种植羊肚菌，将使土壤中某些矿质元素的含量下降或缺乏，不再能满足羊肚菌对某些元素的需求，易出现生理性病害，最终导致羊肚菌品质与产量下降。羊肚菌的种植使土壤中有益微生物减少，有害微生物积累，导致羊肚菌种植过程中，病害严重。
怎么解决重茬危害？
进行消毒处理
如果是塑料大棚，要把大棚内壁、棚膜、设施等器械的消毒处理，将湿度增加到70%以上，诱导杂菌和有害微生物孢子萌发。其次是对土壤的消毒处理，在种植羊肚菌结束后，在羊肚菌残料上浇透水，并喷雾复合益生菌+螯合微量元素+螯合中药+生物防虫产品，两天后浇透大棚內土壤，使之深度达到15公分左右，然后进行高温闷棚7-15天。老地块变成新地块。
如果是平棚，羊肚菌播种前20天，在土壤表面散农药辛硫磷（用量参照说明书），然后进行旋耕，杀灭土壤中的害虫。
有些地区的多年种植经验表明，采用播种之前撒播生石灰的措施进行消毒灭菌，对于降低病害、减轻虫害成效明显。生茬地一般每亩用量200斤以上，重茬地每亩用量400~600斤或以上。
使用轮作的方法
结合轮作一个半月的疏菜种植，通过重茬处理，大棚内壁、棚膜、设施等器械上附着大量有害微生物进行了有效的杀灭和控制；羊肚菌废料上、土壤中的有害微生物进行有效的杀灭及控制，分解掉了上茬羊肚菌菌丝害分泌物，并建立了适合羊肚菌菌丝生长的微生物菌群，补充了土壤的的营养物质和螯合微量元素，增加土壤的通透性和保湿性。
相同地块避免连续多年种植羊肚菌，可行的方案是种植羊肚菌之后，来年的夏季和冬季到再下一年的夏季种植常规的农作物，到第三年冬季的时候再种植羊肚菌，但不可直接将田地荒废，此类操作风险最低。
淹水处理
如水稻田，进行水稻耕作，淹水3-4个月。但此方法不适合旱地。实践证明，在南方地区栽培羊肚菌，羊肚菌收获以后再继续栽培水稻，土壤经过连续几个月的淹水状态，即厌氧处理以后，杀死了许多有害生物，重新积累营养物质，在水稻收获以后，又可以栽培羊肚菌。
土地深耕：使用大型翻耕机将土壤深耕至30-40cm，将深层土翻耕至表层，起到换土作用。本措施风险系数最低。特别是在晴朗天气施撒生石灰后，用旋耕机旋地10-15cm，覆盖地膜或闭棚，起到闷热和触杀作用，可有效杀灭土壤中的虫卵和病菌。本操作需要羊肚菌种植至少15天前进行，效果较为理想。
此外，应避免使用除草剂，以免影响羊肚菌的正常生长发育。
