1.原料处理：牛粪破碎处理后过筛，按1∶1.2加水拌匀，堆积发酵，每天翻堆一次，约20天左右，牛粪粉变为褐色，具有正常发酵草料的清香气味，晒干备用。无受潮的小麦，充分泡透后捞出，适当遮阴、通风，发现表皮发干时，轻喷细雾湿润，24小时后即可发芽，待麦芽长至1～2厘米时，即可使用。
如果有虫蛀麦粒，也可使用，但虫蛀后的麦粒有孔洞，淀粉易流出，所以，必须多清洗几遍，然后倒入pH值8～9的石灰水中，浸泡6小时后煮20分钟左右，至麦粒无白心时，捞出麦粒，冷水冲洗后即可。
2.基本配方：麦粒（以干品计）100公斤、牛粪粉30公斤、石膏粉1公斤、碳酸钙1.5公斤。
3.基质混合：将麦粒与牛粪粉按1∶0.2比例混合，并同时拌入其他辅料，注意使牛粪全部粘附到麦粒上，水分不足时适量喷水。剩余牛粪粉待用。
4.装瓶操作：一般小批量生产多不采用标准瓶，而利用酒瓶、葡萄糖玻璃瓶等，装瓶灭菌。为降低生产成本，可用500毫升输液瓶。先装一把牛粪粉在瓶底，约1～1.5厘米厚，再装麦粒，装瓶时稍蹾瓶，使麦粒至瓶肩以下1厘米处，然后再装入1～2把牛粪粉，并用“L”形工具将之摊平、压实，之后塞入棉塞。
5.灭菌冷却：采用高压灭菌方法，压力维持在0.15兆帕，保持2～2.5小时。灭菌结束后，压力下降至零后，可取出料瓶，移入冷却室或接种室，室内提前3天清理干净，并喷洒百病杀溶液，料瓶降温至30℃时即可接种。
6.接种操作：室内喷洒一遍赛百杀溶液后，将原种用75%酒精擦洗一次，打开接种净化机，10分钟后即可开始接种操作。每瓶（500毫升）原种可接40瓶以上。
7.发菌培养：培养室（棚）提前清理卫生，地面灌水，地毯式喷洒百病杀溶液，密闭2天后，地面撒施石灰粉，即可将接种后的菌种移入。发菌期间，尽量控制培养室温度在25℃左右，不超过28℃，安装水温空调的最低可降至22℃左右。一般农户不具备条件，可采用土法降温：发菌棚内地面上用砖码起20厘米高，铺上新塑料膜，将菌种瓶立式排入，灌入地下水，每天换水1～2次，即可使菌瓶内保持25℃以下。每3天左右喷洒一次药物以作预防；发现有菇蚊类成虫时，随即喷施高效氯氰菊酯予以杀灭。
8.剔杂处理：接种后第三天，即开始检查剔杂，发现任何非双孢菇菌丝的菌瓶，随即移出室外，有链孢霉菌污染的，应用方便袋从上往下套住菌瓶，慢慢移出。对一般杂菌的污染，可喷施药物后将料倒出，晒干后再次利用；对链孢霉菌污染，应远离培养室倒料，并予焚烧或深埋，空瓶用70℃以上热水烫杀，洗净后再用。
9.暂时保存：约35～45天，菌种完成发菌，暂时不用的菌种，应予低温存放，一般保持2℃～4℃条件即可。
10.质量检验：双孢菇的菌丝浓白、清晰，生长有力，呈扇形生长，绒毛状菌丝多、整齐，气生菌丝洁白；现在采用最多的“2796”属半气生型品种，其菌丝旺盛、一致；没有黄白色厚菌被；菌丝浓白粗壮，遇高温时微黄、可出现少量束状菌丝，上下均匀一致。
