树石盆景植树方法较多，但一旦遇到在硬质石料上植树，就不那么容易了。在中、大型盆景植树可用附着法和洞栽法。所谓附着法，是指先将树木栽植于塑料纱包中、附植于山石背后，使部分枝叶从山石两侧显露出来；洞栽法是在山石胶合时，预留一洞穴或直接在较大的山石上，开凿洞穴。但在制作小、微型树石盆景时，因山石体量一般较小，又能独石成景，山石形体也十分精致，既无需胶合，又不宜敲凿，所以，通孔深植是理想、安全的方法。
通孔深植，顾名思义，就是在山石上钻以通孔，直达底部，再将山石底部加工成一大喇叭口，使树木茎干藏于孔洞中，其根须深植于大喇叭口内。这种方法植树成活率高，易管理，且干（旱式）、湿（山水）兼顾，随心所欲。克服了附着山石背后裸露一大纱包、洞栽法山石加工时易损废的不足，能在山石上多方位，多角度群植树木，使作品更切合大自然中树石相融的客观规律，提高作品档次。
山石钻孔时，先在山石周围衬以较厚的橡胶片，再用铁丝箍紧，将山石浸没水中，用合金钻头（俗称冲击钻头），采用平钻（不宜冲击）档，从已切平的山石底部钻几道深孔，以便喇叭口的加工和所需植树部位横（斜）孔的贯通，在横（斜）孔进钻时，必须相应加大与竖孔相交（通）的角度，避免急弯，以便事后树木根系能顺利通过。
小型树石盆景的树与石的选择十分重要，视石为“麟角”，视树为“凤毛”，一点也不过分。千姿百态的山石，所选择的余地相对要大些，但在无奇不有的树的世界里，要选择适合小、微型树石盆景所用的树木，就十分困难了，除选用株型小巧，紧凑，叶片极小的树种外，其枝干、根系还必须柔软，并要求为深根型树种，因浅根型树种根系开张角度较大，不便理顺和缠缚。树种除完全预备上述各要素外，还具有常绿，叶片主脉呈金黄色，叶片光亮，花繁，且红果满枝（移栽后三至五年挂果），座果期长，终年不绝，有特别强的抗逆性，既喜强光、亦耐浓阴。
在山石上植树时，先取一段较长的细铁丝，对折成发卡状，将对折的一端从山石底部的孔洞中向上穿出，再将已缠缚好的树根塑膜尾端（绞紧），卡在细铁丝中，握住露出山石底部细铁丝的尾端，轻轻拉出，使树木根系全部深入喇叭口内，解除塑膜（缠缚物），让根系自然松散，再将山石倒置，让喇叭口朝上，填充基质，裁一比喇叭口略大的塑料纱，扣在喇叭口上，然后将植好树的山石放在浅口盆中，一盆小、微型山水盆景就成功了，如植于较深一点的扁盆内，用土将山石固定好，就成为一盆旱式盆景了。
