荷花除了常用地下根茎（藕茎）繁育外，亦可采用种子（俗称莲子）进行有性繁育，由于采用种子有性繁育，其后代变异性大。因此在菜藕种植中，为确保其固有的特性，都不采用，除进行有目的的科学杂交试验用。那么在观赏的荷花中，为选育新的优秀品种，常用此法进行。
由于杂交繁育荷花操作相对比较简单，出现新品的繁育周期亦不长，只要掌握简单的操作要领，有兴趣的花友均可进行。为此，下面就荷花的杂交，播种，繁育基本操作方法介绍如下：
一、荷花的杂交
1、能结实的荷花品种，最基本的条件是雌芯发育应是正常的植株，能正常结实的植株，大部分是单瓣复瓣种，在少数的重瓣种里亦有能结实或偶能结实的品种。因此在进行有目的的杂交选育工作，首先必须了解每个品种的特性，作为选择父母本的基础资料。
2、预先准备好镊子，标识牌，塑料薄膜袋，扎带等。
3、在荷花盛开的6月中旬~8月中旬，于每天清晨，当定向选定的植株的花朵刚半开之时，对选做母本的花朵用镊子小心夹除所有的雄芯，在用镊子夹取在选作父本的雄芯，然后小心抖落花粉在母本的莲蓬上，然后套上塑料薄膜袋扎紧，作好标识，约过了3天左右，解开薄膜袋，待莲子充分成熟颜色变为黑褐色时，及时采收晒干，作好标识，放于通风阴凉处保存或放于家用冰箱的冷藏箱内保存。
二、种子的播种
1、于第二年的春天，天气回升转暖气温相对稳定时（南方在4月份，北方在5~6月份），原则上做到宁晚勿早，取出种子，认准其中凹端，进行破壳，少量的破壳，可用手控住种子，把凹端放在粗糙的水泥地面或砂轮平面上来回压磨至露出里面的种皮即可，较多数量的，可用手（最好用钢丝钳夹住种子）放在电动砂轮上磨破种子外壳，但电磨时必须注意安全。
2、把已磨破种皮外壳的种子，浸泡于20~300c水温的保温容器内（如保温瓶内），使用的水应无油污等的清洁水，使用自然水的水应放置24小时以上，每天更换温水一次，3天后换入浅盆内，白天放于日光下加温，晚上移至房间内覆膜保温。如家里有养热带鱼的鱼缸时，可直接把种子浸泡在小盆内，加温水，然后把水盆浮放于鱼缸内，水量以不沉入鱼缸为准，同样每天更换一次清洁的浸种水，由于热带鱼缸的水温一般在25~300c左右，浸种非常方便，且温度又非常稳定，且水草灯又可作日光作用，可提高出芽时间和出芽率。一般浸种3~4天后，新叶长可达6cm左右，并开始长根，此时对开始发育较早的每天利用换水时，分批挑出栽于育苗盆中。最初的两天最好放在有30~50%遮阳的地方缓苗，以防止茎叶灼伤。
3、分栽用的花盆应在浸种时同时预备好，盆径可预测，根据种子将来的植株大小，选用20~30cm左右口径的花盆，按盆的高度装田园土或稻田土1/2~1/3左右，加适量的水，把土捣至稀泥状，停清备用。
4、把已长叶3~4支时达分栽要求的种苗，用手控住种身埋入分栽盆泥中，以淹没种子为度，然后加水，以不淹没小荷叶为度，考虑到生长所需每盆只种一株。移至全日光下进行正常管理，并注意水位变化，水不够时及时补水，确保水位相对稳定，待立叶长成时，逐渐加满水即可，如管理得法，当年即可见花，且能当年长3~6支藕。
5、如天有日光保温大棚条件的，也可当年7~8月采种及时播种，天气较冷时，移入大棚内，保持一定的温度，也可当年开花结藕。
三、新品挑选类型
由于杂交的有性繁植的后代变异大，其杂交后代在花色、花型、瓣数、株型及特性上均有所变化。因此在当年开花后进行初选，并作好标记。对初选落选的及时淘汰，对保留的品种在第二年3~4月份进行分藕培养。在花开时，定型确认，记录其基本特性，登记命名，当自己亲自动手，获得杂交繁育优良新品时，其心情是可想而知的了。
