病害：蝴蝶兰原生于热带雨林的树木上，不只生长旺盛，而且很少有病害的侵扰，而最重要的病害，便是疫病了，它是由一种真菌侵入植株叶片的组织，而在组织内分裂繁殖，破坏组织的细胞，而这种真菌的分裂繁殖速度极惊人，在短短的二十四小时内，便足以毁灭一株健壮的植株。
能侵害蝴蝶兰植株的真菌有⑴Phytophthora Palmivora⑵Phytophthora Parasiticao，这两种真菌在夏季高温多湿的季节最为猖獗，所有蝴蝶兰的植株也在此季受害最大，所以，前面一直强调栽培环境的重要，一般受真菌感染的病株，刚开始用肉眼可观察得到时，已是墨绿色向光透明的小斑污点，此污体快速很快，若发现蝴蝶兰有这种情况时，需要立即用刀剪去除患部，而去除的面积，需要较污渍点周边各宽10mm左右，以防有少部分真菌已侵入良好的组织内，但仍用肉眼无法辨别，所以去除部分必须连带周围的一些好的组织，其去除用的刀剪，刃部在使用前后，皆需用75％的酒精消毒，伤口亦用酒精擦拭涂抹，因酒精能烧灼伤口表面的细胞，亦能消灭任何附着于伤口的细菌，经涂抹酒精后的伤口，于第二、三天便可看到一层烧灼干瘪后的白色形成层，这表示受破坏的伤口已无碍了，不再受外来的细菌侵入和伤害。
经真菌感染后的株体，其患部用手轻触后表皮即破裂出水，并带有腥味，若真菌感染到叶心部位，这一棵蝴蝶兰需用立即将受感染的部位割除，以求保命，若没有发觉或不在意，那么这一棵蝴蝶兰可能回天乏术，对于普通品种来说，可能不必惋惜，若对于名种，那真的是得不偿失，虽然被割除生长部位的植株，其侧芽也不一定能完全成活，但只要切除后的伤口立即用75％酒精涂抹，一般长出侧芽的机会有七成以上，但在切除患部后，其给水量要减少到最低程度，并将患株置放于光线较弱的地方，以利其侧芽长出。患处经切除后，需妥善处理，以防真菌扩散，最好用火烧掉，或浸于消毒水中，当然，火烧是最经济又省事。
虽然经试验，根部无法直径受真菌感染，但却能由叶片或株茎感染至根部。在适当的环境下，整盆的聚合苗，只要有一棵小苗受到感染，而不将其处理，在两三天内整盆的小苗都会受到真菌侵袭，而全部死亡。所以建议用大聚合盆的兰友，需要注意这个缺点。
二、 虫害（含动物及机械性伤害）：
最常见的蝴蝶兰虫害有下列数种，但是温室窗户若能外加防虫网，事先预防一些虫害，相信很有效益，预防胜于治疗，如一些纺织娘、蝗虫、蜗牛等体形较大的害虫便不能侵入。
1、 介壳虫：介壳虫的种类很多，形状不一，大部分的介壳虫皆会伤害蝴蝶兰，而且都是利用刺吸刺入叶片组织内吸食其营养，所以，被介壳虫伤害的植株，其株体衰弱，叶片黄萎，若不加以防治，到最后植株会因而衰灭。
任何介壳虫，皆可用50％大灭松乳剂1000倍液，50％马拉松乳剂800倍稀释液，并于每公升中加入1.2％高级夏油防治之。
介壳虫皆能分泌甜蜜汁，所以有介壳虫的地方，便有蚂蚁，而且蚂蚁以会运输其卵至良好的植株上，使其定居并分泌甜蜜供蚂蚁吸食，若见到植株上有蚂蚁在辛勤耕耘时，便需注意是否有介壳虫的侵入，而且蚂蚁亦能传播细菌疫病，所以要立即用免敌克洒扑杀
2、 蚜虫：有大麦蚜Sitiobion granarium(Kirby)、高粱蚜Longiumguis sacchari(Zehntner)、豆蚜Aphis Laburni(Kaltenbach)、玉米蚜Rhopalosphum maidis（Fitch）等，其防治方法和介壳虫一样，在此不再赘述。
3、 蝗虫：有台湾大蝗Chondracris rosea(De Geer)、背条土蝗Patanga Succincta(L.)、小蝗Oxya intricata（Stal）等，能咬食叶片，伤害蝴蝶兰之株体，但其危害程度不大，因为依目前的温室设备，以足够防治蝗虫的侵入，若有此虫害时，可施用免敌克1000倍液，或用人工捉除。
4、 蛾类幼虫：本虫害发生于春初，任何蛾类皆可能产卵在蝴蝶兰的叶片上，而孵化出小虫来啃噬叶片，所以于春初便要施用除虫菊精来防治，若见到蝴蝶兰的叶片被某种不明虫类啃噬时，需立即做适当的处置，用人工将虫找出捏毙，或喷洒杀虫药剂防治，一般杀虫剂可选除虫菊精或合成除虫菊精使用，以减少杀虫剂对人体的伤害机会。
5、 软体动物：软体动物种类很多，但就蜗牛就让栽培者头疼，凡有见到大小蜗牛或软体动物的踪迹，必须立即施用乙醛诱杀之，以免危害到植株，尤其非洲大蜗牛的食量很大，一个夜晚便可啃噬数棵小苗，损害不浅，所以栽培者需时时注意温室内的动静，谋求对策防治任何虫害。每于雨季的时期内，每隔一个月便施用乙醛于园内各处。
凡是杀虫的药剂，在使用上需注意到对人体的安全，而不必去相信一些没有根据的建议或介绍，但只要能使用于环境卫生的杀虫剂，皆可买来施用于蝴蝶兰的杀虫剂，这点很需要提醒兰友，千万不可用药不当心。所施用的杀虫剂，可于农药专卖店购买，并仔细询问用药安全细节，不要外行充当内行，到时受伤害的还是自己。
