盆栽由于在有限的盆土中生长，根部无法像自然树自由地伸展，且无自然界的水源供给水分，并在创作过程中需要不断地施予剪定、摘芽、摘叶的生理矮化及缠线整姿的物理矮化始能美化树型，所以对阳光、空气、水和土壤这些植物生长必备的要件，要特别讲究。因此，了解植物各部位的生理功能，可以正确地判断盆树发育的好坏，使盆栽爱好者在整姿创作过程中，更能掌握时机，在生长旺盛时剪定、摘芽，在树液流动缓慢的休眠期缠线整姿，以充分发挥造型的技术。
根的功能
根的生长依靠最前端根冠内的分生组织，即生长点，此部位细胞分裂活动旺盛，于夜间在土壤中持续生长（根在白天由于阳光照射的关系，生长缓慢），二、三周即老化；它以根毛部的根毛及表皮细胞，吸收水分与养分（无机盐），经过枝干的木质部（导管或假导管）输送到叶面，而大部分（约百分之九十七）散失于空气中，此即为「蒸散」流程。植物体内水分能够上升的原因，一般都认为由（1）根压（2）毛细现象（3）蒸散（4）凝聚力等的作用所引起。
因此，盆土太干燥，根毛会枯死而无法吸收水及养分；盆土太湿，无法通气，根会窒息而腐败，丧失吸收功能，而叶面仍不断蒸散水分，导至树木脱水而死。根有「吸收」、「储存」功能外，根会把植物利用剩余的重无机盐分泌出体外，另外还有「固定」植株的功能。根为了吸收，在土壤中穿梭并密切结合，使树与土牢牢固定，显出安定感。
植物无法直接利用空气中的氮，但有些微生物如「根瘤菌」则能侵入植物的根内，固定土壤间隙空间中的氮，供植物利用；而根瘤菌则可自植物吸收碳水化合物等，来维持生命，是为互利的「共生」关系。
根要发达，首先要有充足的水蒸气。通常根是沿盆钵的内缘往下环绕生长，因为盆钵的周围通常聚水较多，水多温高，根就多。盆土如缺水时，会有新鲜的空气流满，提供根部大部分的氧气，促进根的生长，活泼根部的呼吸作用。太阳照射可使盆钵温度上升，促使根生育活动旺盛。所以说：水、空气、阳光、温度，对植物有最深的影响及关系。
干、枝、皮的功能
干、枝是植物的骨架，支撑整棵树的重量，形成优美的造形；皮层保护内部的部分——筛管部是叶、枝部分养分的通路；形成层细胞分裂旺盛，使枝干长大；导管部是根吸收的水、养分输送到叶的通路；木质都是支撑树的部分；年轮则可分析出树木生长的年数。
叶的功能 光合作用
叶是植物体（树）「制造营养」、「吸收及蒸发水分」的场所。
绿色植物的叶，借着光能进行「光合作用」；白天，经由叶面气孔吸收空气中的二氧化碳，和由根部吸收来的水分，在叶肉细胞中的叶绿体内，合成葡萄糖（碳水化合物），供给植物营养和生长必需的能量；同时释出氧气，更新动物所呼吸的空气。
此过程可简列如下：
6H2O水＋6CO2二氧化碳→（阳光、叶绿体）→ C6H12O6葡萄糖（碳水化合物）＋6O2氧
绿色植物是地球上唯一能有效地捕捉太阳“光能”的工厂，它把“光能”转变为“化学能”，贮存在葡萄糖等碳水化合物中。地球上的其它生物，如动物、真菌、细菌都必须依赖植物行光合作用所制造的碳水化合物（醣类）才能维持生命。
光能、CO2、H2O。→叶绿体→C6H12O6（醣类）→动物、真菌、细菌
光合作用制造了大量的碳水化合物，除了供应原来细胞的生长代谢外，大多暂时贮存在叶内（白天），夜间才经由韧皮的筛管（或筛细胞）输送到枝、干、根、花、果实各部分，以供该处生长及贮存之需。
含叶绿体（绿色）的细胞，其光合作用效率很高；据估计，一年中约可将一千七百亿吨的二氧化碳固定（合成）成为有机物。现今，大气中约有七千亿吨之二氧化碳；所以，每年经由植物的光合作用，可将地球上五分之一以上的二氧化碳转换成生物的组成物质。当然，这些被固定了的二氧化碳，并非永远由大气中消失；因为，经由生物的呼吸作用，不断地再将二氧化碳释出归还于大气中；况且，目前人类大量使用的石化燃料（汽车及工厂用的石油和煤炭）之燃烧，也对二氧化碳的回归贡献不少。
近来，由于世界各地人口遽增，人类食衣住行的需求，破坏了大量的森林及绿地，因此，植物固定二氧化碳和释出氧气的量，相对地减少许多，以致使空气质量下降。尤其在“水泥森林”的都市中，放眼只见钢筋水泥的房子、日日增多的汽车及工厂，表面上看来，我们的生活更方便、舒适，但实际上，我们能“存活”的最基本条件——干净的空气和水，已遭受到人类有史以来最大的威胁！目前，虽有环境保护署对严重污染的空气不断地提出警告，但并不能解决这个威胁你我生命的问题。因此，“绿化”每个人、每个家庭、机关环境，已不再只是赏心悦目，可有可无的事了。“绿化”是每位“我要活下去”的人，刻不容缓的首要之务！
蒸散作用
阔叶树的叶片薄而宽大，所以水分蒸发速度较针叶树为快，而一般蒸发也会因空气温度变化而异。空气干燥、温度高时蒸发快，空气潮湿、温度低时则蒸较慢。这种「蒸散作用」主要系透过叶的气孔进行，少部分则经由叶表之角皮层散失。
几乎所有的植物都具备从叶面吸收水分及矿物质（无机盐）的特性。叶面的水分吸收能力，通常针叶树比阔叶树强。叶所吸收的水分即使不足以供给生长，也可维持树最低的生命存活机能。针叶树遇到腐败、改植，或根部重大损伤时，就必须作叶面喷雾水作业，理由是针叶树从叶面吸收水分的能力强，叶面喷雾水可供针叶树吸收水分；而对阔叶树而言，则有抑制水分从叶面蒸发的功效，阔叶树落叶改植时就不必喷雾水。
呼吸作用
「光合作用」是生产，而「呼吸作用」则是消耗。植物维持生命所需的能源，系由「呼吸作用」产生，它利用空气中的氧，使葡萄糖等有机质（如碳水化合物）完全分解为简单的无机物（CO2和H2O），并释出贮存的化学能。这些被释出的化学能可用来“做工”——例如使植物生长，把光合作用产生的葡萄糖聚合成淀粉，这种多醣类就是植物体的贮存能源。一般人都认为树木的呼吸作用，完全只在叶部进行，其实根、树干、枝叶的表面，也有少量的气孔或皮孔，可进行气体的交换，供应该处细胞呼吸所需之氧气。
呼吸作用与光合作用刚好是完全相反的作用，植物体的活细胞，不分白天、晚上都不断地进行呼吸作用。呼吸作用的过程，亦可简列如下：
C6H12O6葡萄糖＋O2氧→任何时间、活细胞→H2O水＋CO2二氧化碳
根部因在地面以下，不受阳光影响，所以不论画夜都只行呼吸作用——吸氧，吐出二氧化碳，容易形成碳酸，使盆土酸化。氧气会促使微生物分解土壤中的有机质。形成无机盐供根部吸收。因此，保持盆土内空气流畅，对盆树根部的发育、吸收力及整体树势活力影响甚大。这是因为根部的吸收力与换气性及叶在「光合作用」的速度正比。因此，盆面松土工作及采用粒土种植非常重要。叶在白天因「光合作用」旺盛，吸取二氧化碳吐出氧；夜间则因光合作用停止，而只有「呼吸作用」，吸氧吐出二氧化碳。
四季变化
盆栽在四季中，因温度、湿度高低的不同，生育状态也有所差异。温湿度高，「光合作用」旺盛，温湿度低则趋缓。修整树型时更需考虑到每个季节盆树生长的生理状态，千万不可违逆树木自然生长的生理。譬如在炎夏进行移植换土、调枝与整姿，往往会因吸收与蒸散作用而使盆树枯死或发育不良（热带树种除外）。所以，要创造出一棵树形完美的盆栽，一定要彻底掌握盆树的生理状态。春季发芽前，植物当是半休眠状态，利用此时搬盆换土、缠线整姿；夏季发育期，可摘芽、剪定；秋季尽量肥培，准备过冬；冬季则要注意御寒的工作，千万不可忽略了树木生理！
