百年老株牡丹若秋天管理得好，能保证来年开花准时，花大花多。因此，秋天管理要小心以下几方面：
一、肥水管理
老株牡丹由于木质层和纤维层薄，输送水分和营养物质相应较慢，故追施肥料不能过浓，务必薄肥勤施，更不得浓液追施。秋冬以干为宜，不得灌大水。水多肥浓，牡丹的肉质根系汲取不了，会损害根系，来年叶子黄化，无花可开，长时间下去会引起植株死亡。
进入秋天，肥水减半，由夏天追施无机肥及有机肥转为以复合肥为主，其后有机肥缓施或停止利用。因牡丹是秋天发根，若花芽分化期、孕育期没有发达的根系，很难保证来年如期开花。
进入秋天，地表湿度大，难以追施其他肥液，追施复合肥最梦想。秋天补足肥源，促发牡丹根系健壮发育，使枝干增粗，预备足够的营养物质，供孕育花蕾。
由秋天转入冬天，务必抑制肥水，以少量饼肥或微生物肥为主（豆饼、小鱼、小虾、贝类），离根部30厘米左右挖坑追施，疏松土质。由于牡丹耐旱耐寒性强，如果不严控肥水，晚秋、初冬时气温降低，会促使现蕾长叶，遇到突发寒流会冻坏花蕾，影响来年开花。所以，秋冬肥水管理中物候观察尤为主要。
二、清园修剪
进入冬天，牡丹叶子停止成长，处理休眠期。老株牡丹休眠比一般牡丹要早1周左右，枯叶落地，若秋天雨多，地表湿度大，枯叶覆盖地表，务必准时清园，扫清全部枯叶，集中处理，以减少来年灰霉病、褐斑病的出现。还要清理好沟槽及排水系统，避免冬天雨雪过量，使牡丹安全越冬。
务必准时剪去病虫枝、重叠枝、并生枝、细弱枝、衰老枝、向内成长枝及疯长枝，经过疏剪、短截、除蘖延长牡丹的寿命。让牡丹通风透光，不易孳生病虫害，能保证树势不衰，枝粗叶茂。
三、翻土
进入冬天，翻挖土层，使表层土和深层土调换，间断几次翻晒使土壤疏松透气。清除杂草，消灭虫卵，把追施的有机肥、复合肥、微生物肥等残留一些调拌匀称再用，减少病虫害。
