栽培平菇最好发菌(在培养室)和出菇(在发生室)分开。虽然栽培的是同一个品种，也不可―边出菇，一边发菌，或者第一批没出完菇，就栽培第二批，这样也会影响平菇的产量。原因在于：
(1)因为第一批栽培时污染的杂菌，对下批感染较快，或者第一批栽培时杂菌未表现出来(出现隐性污染)，第二批表现明显，污染率较高。
(2)第一批菇散发的孢子和代谢产物，如呼出的一氧化碳和二氧化碳，使菇房内空气污浊，影响第二批菇的发菌。
正确的栽培方法是：先把第一批出完菇的废料清理出去，菇房进行通风，全面消毒后再种第二批。
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