肥料是植物的“粮食”，微生物肥料与有机肥、无机肥三者构成了肥料的总体，对作物的生长起着不同的促进作用。
有机肥是农业生产的基本保证部分，是我国几千年来农业的基础肥料，它不仅可以为农作物提供全面的营养，促进作物生长，而且还可以改良土壤的物理、性化学和生物状，熟化土壤，培肥地力。但是，施用有机肥料，只可以维持土壤肥力和一定的生产能力，难以提高单位面积产量和不断增长的人口对于粮食的需要。化学肥料含有丰富的速效养分和能量，合理使用化肥，可以大幅度提高农作物产量，在农业持续发展的现阶段，是农业促产不可缺少的重要手段。
微生物肥料新版定义为：“是指特定生物活体的制品，应用于农业生产，通过其中所含的微生物生命活动，增加植物养分的供应量或促进植物生长，改善农产品品质及农业生态环境。”这一定义明确指出微生物肥料是一种有机生物活体，一种新型肥料。微生物肥料不仅为农作物提供了生长所必需的各种营养元素，而且还可以增加土壤中有益微生物酌活性，同时还可以克服使用化肥过量和不平衡施肥所造成的种种弊端。
微生物肥料又担负着土壤有机质向腐殖质转化的重任，增加土壤的团粒结构，提高土壤的保肥保水能力，活化被土壤固化了的养分，提高化肥的有效利用率。同时，微生物肥料中有益微生物还会向土壤分泌各种有益物质、生长刺激素、吲哚乙酸、赤霉素和各种酶，从而有效的促进养分的转化，减轻土壤传播性冰海地发生，修复被污染的土壤。
因此，微生物肥料可以说是绿色农业和有机农业的理想肥料，在当前的农业可持续发展中有着广阔发展前景和巨大的农业增产潜力。
