我国从1901年开始使用化学氮肥，100余年来，化肥在我国农业生产中发挥了巨大作用。我国在占世界9%的耕地上解决了占世界21%人口的温饱问题。化肥的问世，使农业生产中作物营养的投入有了工业化生产的支撑，从而极大地提高了粮食产量，保证了人口的迅速增长对粮食的需求。同时，在我国农民生产投入中，化肥是最大的投资，约占全部生产性支出的50%。
随着自然农业思潮的兴起以及人们对环境污染的关注，现在有人片面地夸大了化肥对农产品质量、安全和环境的负面影响，使许多人对化肥的作用产生了误解，在宣传“有机农业”、“绿色食品”和“无公害农产品”时，倡导抵制施用化肥，改用有机肥。
大家知道，有机肥料是指来源于植物或动物，以提供作物养分为主要功效的含碳物料。无机肥料是指由物理或化学工业方法制成，标明养分，呈无机盐形式的肥料，而有机肥料需经过分解，转化成无机态，然后被植物吸收。所以无论是对无机肥还是有机肥，植物吸收养分的形态是相同的，所不同的是无机肥料的养分较单一，浓度较高，肥效较快，而有机肥料的养分种类较多，浓度较低，需要转化，同时有机肥料有一定的改土作用。
科学研究结果证明，化肥本身是无害的，因化肥施用造成的危害是由于不科学、不合理地使用了化肥。就农产品质量与使用化肥而言，化肥施用对农产品质量会产生影响，但产生的是正面影响还是负面影响，则取决于化肥的施用方法。过多地施用单一化肥，会对农产品品质产生负面影响，但如果能够平衡施肥，则会促进农产品品质的提高。如无机氮肥对稻米氨基酸含量的影响，它并不比施用有机氮肥差。至于磷肥和钾肥，一般不会对品质产生负面影响，而中、微量元素肥料目前主要是如何增加和补充的问题。
农产品中硝酸盐超标主要是过量使用氮肥所致，而合理施肥、平衡施肥可大大降低硝酸盐含量。另外，在栽培方法上运用不当，也易造成硝酸盐累积。如催生栽培方法，使用大量的氮肥和生长激素，使作物（特别是瓜、果、菜类）的生长期大大缩短，其中肥料中的氮素不能充分在光合作用中形成蛋白质，使硝酸盐大量积累在瓜果菜内。特别是在空气循环不良、二氧化碳减少的塑料大棚内更为严重。如菠菜在大田应季栽培要50天以上才能收获，而催生栽培下30天就可收获，前者每千克菠菜中含硝酸盐690毫克，后者则高达3000毫克。
就化肥对土壤的影响来看，使用化肥造成土壤板结的主要原因是长期施用单一肥料，残留的硫酸根和碳酸根与土壤中的钙离子反应，造成土壤板结。合理、平衡施用化肥，就可以保持和增加土壤孔隙度和持水量，避免板结情况的发生。
我国是一个人口大国，今后在一个相当长的时间内，农业产品的生产在养分的投入上仍然需要以化肥为主，充分合理平衡的化肥投入不仅能满足人们对农产品数量上的需要，而且一定能满足人们对农产品品质的要求。化肥本身是无害的，有害的是对化肥的不合理使用。在肥料问题上，今后需要关注的是生产和使用更优质、更高效的化肥，推广科学合理的施肥技术，提高化肥的利用效率。
