土壤的一般处理：最好是通过种植槽的作物轮作来预防病害，轮作后可以不进行常规土壤处理。可是，在种植槽中的土壤如果重复用于盆栽或覆盖种球时，则需要进行土壤处理。
真菌病害：
（1）镰刀菌（球根腐烂）：感染开始于基部，常常在根盘，该病害逐渐扩散到整个茎盘及鳞片。鳞片内部感染没有外面感染快。
被感染的组织变为黑灰色到黑褐色，在鳞片之间，在褐色皮膜下有白色或浅红色真菌发育，有时被一层大量孢子粉状物覆盖，好像被染过粉一样。明显受到感染的球根不会出芽或者茎长得短而弯曲，而且茎很快死去；受到轻微感染的球根所发育的植株较矮，叶片薄、弯曲，叶片比正常的绿。
球根腐烂是由真菌洋水仙镰刀菌所引起的，该菌只感染洋水仙，它可以在土壤中生存达6年之久。
预防：
a.货到后在土温14℃以下或将其短期储藏在规定的温度、湿度、空气循环和通风的环境中；
b.种植时去除被感染的球根；
c.若种植时温度高于14℃，在种植床和温室畦土中实行较广的作物轮作。
（2）灰霉病/葡萄孢菌：当球根入室后或在塑箱中出芽，一些叶片的顶端变褐并可能粘在一起，也可能影响处于土壤水平面的茎和叶片。茎下垂，叶片弯曲生长并变黄。感染球根的表皮，使之比正常球根更暗褐色同时影响球根的生长。
在严重情况下，茎的发育很慢或根本不发育。暗斑硬化之后变成黑色。基片有时变褐色和木栓状，这影响球根的生根。
病因：叶片感染是由真菌洋水仙葡萄孢菌引起的，球根的感染是由真菌灰葡萄孢菌引起的。所有的其他症状均与这两种真菌有关。
预防：
a.球根到后立即种植或储藏在有足够的通风和空气循环的环境下；
b.防止球根的损伤；
c.对所有盆栽品种、比较敏感的切花品种以及怀疑受到感染的球根进行消毒；
d.使用有较大比例黑泥炭土和沙的混合基质；
e.在种植时减压基质，将球根放在顶部，上面覆盖薄层的粗粒河沙；
f.在种植后才对球根进行冷处理。
